Tổ chức

Tổ chức của SOG gồm hạt nhân là bốn bộ phận nghiệp vụ chính: Bộ phận cài cắm & chỉ đạo các hoạt động gián điệp OP34 mật danh Timberwork; Bộ phận hoạt động bán quân sự trên biển OP37 mật danh Plowman; Bộ phận hoạt động tâm lý chiến OP39 mật danh Hulidor; Bộ phận hoạt động thám báo chống phá đường mòn Hồ Chí Minh OP35 mật danh Shinning Brass. Ngoài ra, SOG còn có một số bộ phận hỗ trợ như: Bộ phận bay phối thuộc OP36, bộ phận hành chính & nhân sự OP10, bộ phận hậu cần OP40, bộ phận thông tin OP60, bộ phận tài vụ OP90 … SOG cùng đối tác Tổng nha kỹ thuật chiến lược Nam Việt Nam STD quản lý trại huấn luyện Long Thành.

Trong hoạt động thám báo trên đường mòn Hồ Chí Minh, SOG còn lập ra một số căn cứ hoạt động tiền tiêu (FOB) nằm rải rác trên lãnh thổ Nam Việt Nam để kiểm soát và hỗ trợ các toán biệt kích. Căn cứ quan trọng nhất của SOG là căn cứ hoạt động tiền tiêu Khâm Đức (Khe Sanh), nơi phụ trách gần một nửa các hoạt động biệt kích tại Lào. Ngoài ra, SOG còn có các cơ sở điều phối không lưu trong hoạt động đánh phá đường mòn, như ba Trung tâm chỉ huy phía Bắc CCN, phía Trung CCC và phía Nam CCS.

Lãnh đạo

Cấp tư lệnh chỉ huy của SOG luôn là một đại tá bộ binh Mỹ. Việc tư lệnh SOG không phải là một vị trí cấp tướng phản ánh đúng thái độ của giới quân sự tại Lầu Năm Góc: SOG không được coi là một bộ phận cấu thành chiến lược trong bộ máy chiến tranh của Hoa Kỳ tại Việt Nam. Quân đội coi SOG là đứa con ghẻ do Nhà Trắng muốn họ lập ra. Tư lệnh SOG hầu như không có quan hệ rộng rãi tại Washington, và không được coi trọng tại Bộ chỉ huy viện trợ quân sự Hoa Kỳ MACV và Hội đồng tham mưu trưởng liên quân. Điều này về sau sẽ ảnh hưởng rất lớn đến các hoạt động của SOG và là một yếu tố quyết định sự thành bại của tổ chức này.

Phó tư lệnh của SOG luôn là một sĩ quan không quân, nhưng không phải là người đang ở vị thế được thăng tiến – rất khó được lên cấp tướng. Cấp chỉ huy thứ ba tại SOG là một quan chức của CIA. Tuy nhiên, CIA chẳng mấy mặn mà với vai trò phụ giúp cho quân đội trong hoạt động ngầm. Vì vậy, viên phó CIA được cử sang SOG thường chủ yếu hoạt động tâm lý chiến – một lĩnh vực thường không được đề cao tại CIA.

Giám sát

Sự nhạy cảm trong các hoạt động mà SOG tiến hành mang lại khiến cho các nhà địa chính trị ở Washington lo ngại. Mặc dù hào hứng với kế hoạch nhằm gây rối chính phủ miền Bắc, các nhà hoạch định chính sách ở Nhà Trắng lại lo lắng rằng nếu các hoạt động của SOG bị lộ, Hoa Kỳ sẽ bị biến thành hình ảnh kẻ xâm lược khát máu đang cố lật đổ Bắc Việt Nam, điều mà họ luôn tuyên bố rằng không phải. Hơn nữa, sự thành công - nếu có - của SOG, sẽ gây ra tình hình bất ổn dẫn đến sự sụp đổ của chính phủ Hà Nội và khi đó, Trung Quốc có thể sẽ can thiệp. Nhà Trắng và Bộ Ngoại giao không muốn có một Triều Tiên thứ hai. Do vậy họ quyết tâm kiểm soát chặt chẽ mọi hoạt động của SOG, hạn chế bất cứ hành động nào có thể làm tổn hại đến hình ảnh và thanh danh của Hoa Kỳ. Tất cả các kế hoạch hoạt động của SOG đều phải trải qua một khâu kiểm duyệt công phu, gửi lên cả Nhà Trắng, Lầu Năm Góc, CIA và Bộ Ngoại giao trước khi có thể tiến hành. Và ở bất kỳ chỗ nào, kế hoạch đều có thể bị bác bỏ và trả lại, buộc SOG phải lập một kế hoạch mới. Sự cồng kềnh phức tạp này khiến cho rất nhiều các kế hoạch có triển vọng của SOG bị Washington bác bỏ, vì cho rằng "có khả năng gây tổn hại đến chiến lược chung" – chiến lược mà quân đội không coi SOG là một phần của nó. Ngoài ra, Hội đồng tham mưu trưởng liên quân còn lập ra Văn phòng trợ lý đặc biệt về chống bạo loạn và hoạt động đặc biệt SACSA, với chức năng kiểm soát chặt chẽ các hoạt động của SOG. Sĩ quan SACSA là người trực tiếp mang các bản kế hoạch của SOG qua các khâu kiểm duyệt tại Washington (Tuy nhiên, điều khôi hài là về sau này, SACSA lại đóng vai trò hỗ trợ cho SOG tại Washington, mặc dù mục đích ban đầu nó được lập ra để làm chậm lại chứ không phải ủng hộ cho sự phát triển của SOG).